Dentro de la Red AEDES existen cuatro unidades de investigación y desarrollo científico, tecnológicos y de apropiación del conocimiento que acompañan el desarrollo de los diferentes proyectos de investigación ejecutados por los miembros de la Red. Estas Unidades tienen a su cargo la transferencia de conocimiento (Unidad de Transferencia de Conocimiento – UTC), generación de sistemas robustos de información (Unidad de Análisis de Datos – UAD), administración de muestras biológicas (Unidad de Muestras Biológicas – UMB) y la evaluación económica de resultados (Unidad de Análisis Económico – UAE).